Les moines franciscains, aussi appelés Cordeliers, s'installèrent à Bâle en 1231. En 1250, l’évêque leurs donna un terrain aux Cordeliers un terrain près des remparts de la ville. Les franciscains y construisirent un premier couvent, qui fut pratiquement terminé en 1256. Il fut rapidement suivi d'un second bâtiment (1275–1309). Cette deuxième église des Cordeliers, un peu décalée vers le nord et de 80 mètres de longueur, est nettement plus grande que la première. Elle est aussi surélevée de 2 mètres (elle repose sur les vestiges de la première église, aujourd'hui visibles au sous-sol).

Après la Réforme en 1529, le couvent devint propriété de la ville. Les bâtiments du couvent autour du cloître furent transformés pour divers usages: asile de fous, office des aumônes et écoles de jeunes filles et jeunes garçons. Son cimetière devint la place du marché, l’actuelle Barfüsserplatz. Des messes furent encore célébrées dans la nef de l’église réformée jusqu’en 1794. Une cloison en bois séparait alors la nef du chœur. À partir de 1795, l'église servit successivement de grenier à céréales, de dépôt de marchandises et de magasin à sel (1799–1815). Près de 300 tonnes de sel s'amalgamèrent au sol de l'église. Dès 1843, les bâtiments très délabrés du couvent et du cloître furent démolis et l’église des Cordeliers devint un dépôt pour un office marchand (1845–1865).

Divers projets furent alors discutés afin de remplacer l’église: démolition partielle ou totale, construction d'une école, d'une piscine, d'une bibliothèque, d'archives d'Etat, d'une halle marchande ou d'une salle de sports. Entretemps, le bâtiment servit de bureau de poste, de marché au beurre, de mont-de-piété, de salle de ventes aux enchères et à nouveau de dépôt. Faute de plans concrets et de responsables, le bâtiment fut abandonné au délabrement.

En 1888, le Conseil municipal décida de consacrer l’église à la présentation de collections et proposa à la Confédération d’en faire le siège du Musée national suisse, qui fut finalement établi à Zurich, laissant l'église de nouveau sans fonction définie.