Die Einsturzgefahr der Kirche führte nicht nur zu einer sechseinhalbjährigen Schliessung, sondern auch zu einer kompletten Neuausrichtung der Sammlungspräsentation. Erneut wies die Geschichte des Ausstellungsraumes den Weg: Mit der Wiederherstellung der drei Schiffe, dem Neubau des Lettners und dem Ausbau des Untergeschosses wurde die Kirche in ihre ursprüngliche, vorreformatorische Gestalt zurückgeführt. Für die Ausstellung der Sammlung bedeutete das die lang angestrebte räumliche Trennung der sakralen Kunst im Chor von der weltlichen Kunst im Hauptraum.