Le danger d’effondrement de l’église conduit non seulement à une fermeture de six ans et demi, mais également à un renouvellement total de la manière de présenter les collections. Une fois de plus, la conception des salles d’expositions est inspirée par l’histoire du bâtiment : avec la restauration des trois nefs, la reconstruction du jubé et l’aménagement de la crypte, l’église retrouve sa forme initiale d’avant la Réforme. Pour l’exposition des collections, cela signifie une séparation, souhaitée de longue date, entre l’art sacré – situé dans le chœur – et l’art profane – situé dans la salle principale.