Jeremias Schlegel wurde am 12. Februar 1730 getauft. Er stammte aus der 2. Ehe seines Vaters, dem Instrumentenbauer Christian Schlegel (1667-1746) mit der Basler Bürgestochter Anna Catharina Sixtin. Nach dem Tod seines Vaters am 3. November 1746 musste er trotz seines jugendlichen Alters von 16 Jahren die Werkstatt übernehmen.1752 wurde er als Fagottspieler (bis 1772) Mitglied des Collegium musicum und somit auch "civis academicus". Seine Werkstatt dürfte einen sehr guten Ruf genossen haben, doch seine beiden Söhne hatten offenbar kein besonderes Interesse. Am 6. Februar 1792 wurde Jeremias Schlegel begraben.