1888 bot Basel die Barfüsserkirche vergeblich als Standort für das Nationalmuseum an. Die Kirche erfuhr danach einen Umbau mit schmalen Seitenschiffen, neuer Holzdecke und steilem Giebel sowie einem Gewölbe im Chor. 1894 eröffnete das Historische Museum Basel. Ab den 1930er-Jahren zeigten sich Salzschäden im Fundament, die bis 1964 bedrohlich anwuchsen. 1975–1981 kam es zur unumgänglichen Sanierung und dem Einbau eines Untergeschosses. Dabei erhielt die Westfront ihr ursprüngliches Aussehen zurück.