En 1888, Bâle proposa vainement que la Barfüsserkirche accueille le Musée national. Par la suite, l’église fut dotée d’étroits bas-côtés, d’un nouveau plafond en bois, d’un pignon très pointu et d’une voûte dans le chœur. Le Musée historique de Bâle ouvrit en 1894. Les dégâts provoqués par le sel dans les fondations se firent jour à partir des années 1930 et s’amplifièrent, jusqu’à devenir menaçants en 1964. Entre 1975 et 1981, un assainissement général du bâtiment fut entrepris et un sous-sol aménagé. La façade ouest retrouva son aspect original.