Bereits 1275–1309 kam es zum Bau einer grösseren Anlage. Durch die Verschiebung der neuen Kirche nach Norden gewann das Kloster Platz, zudem wurde Land hinzugekauft und der Birsig eingedolt. Das Nordschiff der zweiten Kirche erhielt nachträglich eine geknickte Aussenwand. Umbauten im Innern betrafen den Lettner und die östlichen Pfeiler. Nach der Reformation wurde der Chor, durch eine Bretterwand abgetrennt, zum Kornspeicher. Aus dem Klostergarten entstand durch Abbruch der Klostermauer der Barfüsserplatz.