Jeremias Schlegel a été baptisé le 12 février 1730. Il était issu du deuxième mariage de son père, le facteur d'instruments Christian Schlegel (1667-1746), avec la fille de la bourgeoisie bâloise Anna Catharina Sixtin. Après la mort de son père le 3 novembre 1746, il dut reprendre l'atelier malgré son jeune âge (16 ans). En 1752, il devint membre du Collegium musicum en tant que bassoniste (jusqu'en 1772) et donc également "civis academicus". Son atelier devait jouir d'une très bonne réputation, mais ses deux fils ne semblaient pas s'y intéresser particulièrement. Jeremias Schlegel a été enterré le 6 février 1792.