La collection de verre du Musée Historique de Bâle comprend 1100 pièces environ. La collection n’est pas le résultat d'une politique typologique, mais doit son existence à l'accumulation des dons et des legs fait par des collectionneurs bâlois privés. Cependant la gamme en est remarquable, et elle réserve aux connaisseurs des exemples intéressants de manufactures internationales, tels un des premiers exemples de verre taillé de Nuremberg, ou trois verres gravés au diamant, d'une importance historique considérable; ou bien la bouteille qui appartenait jadis à Johann Rudolf Wettstein, bourgmestre de Bâle.
Les pièces les plus anciennes, qui remontent aux XIIIe et XIVe siècles, proviennent de fouilles entreprises à Bâle. A l'autre extrémité de la gamme, an voit de grands services en cristal fabriqués dans la première moitié du XXe siècle. En termes de quantité, c'est le cristal allemand et bohémien des XVIIIe et XIXe siècles qui prédomine. La collection comprend aussi de simples gobelets et coupes qui portent, gravées en creux, les armes de vieilles familles bâloises ou bien de guildes, et qui, selon toute vraisemblance, ont été vendus par des tailleurs de verre itinérants. Les verreries suisses des XVIIIe et XIXe siècles, par exemple celle du val d'Entlebuch (canton de Lucerne), qui fabriquait un cristal émaillé et coloré aux motifs folkloriques, sont également représentées.
En 1993, plus de 500 verres appartenant à l'ancienne collection très variée du Musée des Arts et Métiers (Gewerbemuseum, aujourd'hui Museum für Gestaltung), ont été transférés au Musée Historique de Bâle. En conséquence, la collection s'est agrandie au point de comprendre des modèles industriels et des verres d'inspiration historiciste tel le groupe de verres du Rheinische Glasshütten AG d'Ehrenfeld près de Cologne, qui au XIXe siècle se spécialisait dans la fabrication de copies de verres antiques et historiques.
