Das Historische Museum Basel ist als staatliche Institution dem Präsidialdepartement des Kantons Basel-Stadt, Abteilung Kultur, unterstellt. Verbindliche Rahmenbedingungen schaffen das Museumsgesetz vom 16. Juni 1999 sowie die Verordnung zum Museumsgesetz vom 19. Dezember 2000, welche auch die Zusammenarbeit mit der Kommission zum Historischen Museum Basel regeln. Die parlamentarische Kontrolle obliegt einer Subkommission der Bildungs- und Kulturkommission des Grossen Rates.
Über das vom Kanton Basel-Stadt finanzierte Globalbudget hinaus ist das Museum auf die finanzielle Unterstützung von dritter Seite angewiesen, um seine vielfältigen Aufgaben erfüllen zu können.
Die Unterstützung des Historischen Museums Basel ist via folgende Institutionen möglich:
- Stiftung für das Historische Museum Basel
- Verein für das Historische Museum Basel
Im Sammlungsbereich ist das Museum mit vier Stiftungen verbunden. Die Stiftungsgremien fördern Projekte im Zusammenhang mit dem Stiftungsgut.
- Pauls-Eisenbeiss-Stiftung
- Dr. Edith Stocker-Nolte-Stiftung
- Dr. Eugen Gschwind-Stiftung
- Jenny Adèle Burckhardt-Stiftung